Durante a temporada, Brennan, junto com seus amigos do Jeffersonian, descobrem que seus pais eram assaltantes de bancos famosos e o pai de Brennan é preso. No início, Brennan é hostil com seu pai, mas recupera a amizade com ele e com seu irmão, Russ. Nesta temporada, são encontrados restos mortais de duas crianças que haviam sido enterradas vivas. Conforme as investigações ocorrem, descobre-se que o assassino é um serial killer que se auto-denomina O Coveiro, cujo Modus Operandi consiste em enterrar as vítimas vivas e exigir por uma quantia altíssima em dinheiro. Brennan e Hodgins são sequestrados e por pouco não morrem, pois conseguem escapar, mas não sem traumas, já que Hodgins tem sua perna ferida, devido ao Coveiro o atropelar quando ele vê Brennan no chão ao pé do seu carro e corre para ela. O caso do Coveiro começa a ser analisado pela promotora Heather Taffet. Nesta temporada, Angela e Hodgins iniciam um namoro e decidem se casar. No dia do casamento, Zack se mostra nervoso e conta a Booth que foi intimado a ir à guerra no Iraque. No casamento, a polícia federal aparece e diz que Angela é casada com um neozelandês cuja alcunha é Berimbau.
---------------------------- Segunda Temporada ----------------------------
Episódio 01 – The Titan on the Tracks
Legendado
Episódio 02 – Mother and Child in the Bay
Legendado
Episódio 03 – The Boy in the Shroud
Legendado
Episódio 04 – The Blonde in the Game
Legendado
Episódio 05 – The Truth in the Lye
Legendado
Episódio 06 – The Girl in Suite 2103
Legendado
Episódio 07 – The Girl with the Curl
Legendado
Episódio 08 – The Woman in the Sand
Legendado
Episódio 09 – Aliens in a Space Ship
Legendado
Episódio 10 – The Headless Witch in the Woods
Legendado
Episódio 11 – Judas on a Pole
Legendado
Episódio 12 – The Man in the Cell
Legendado
Episódio 13 – The Girl in the Gator
Legendado
Episódio 14 – The Man in the Mansion
Legendado
Episódio 15 – Bodies in the Book
Legendado
Episódio 16 – The Boneless Bride in the River
Legendado
Episódio 17 – The Priest in the Churchyard
Legendado
Episódio 18 – The Killer in the Concrete
Legendado
Episódio 19 – Spaceman in a Crater
Legendado
Episódio 20 – The Glowing Bones in the Old Stone House
Legendado
Episódio 21 – Stargazer in a Puddle
Legendado
